Xưa, như mọi vùng miền khác, ở Long Xuyên mỗi khi người dân bị bệnh thường được chữ trị bằng thuốc nam, thuốc bắc. Mãi đến năm 1910, bệnh viện Long Xuyên mới được xây dựng, nhưng vào năm 1929 cũng chỉ có 4 trại bệnh, 2 nhà bảo sanh với 1 bác sĩ, 5 y tá và vài ba dì phước.

Trước năm 1975, cơ sở y tế của Long Xuyên có cả thảy khoảng 500 giường bệnh.

Hiện nay, Long Xuyên là trung tâm y tế lớn nhất tỉnh, ngoài các phòng khám tư đông y lẫn tây y, Long Xuyên còn có hai bệnh viện tư là Hạnh Phúc và Bình Dân, cùng hai bệnh viện công mang tên Bệnh viện đa khoa trung tâm tỉnh An Giang và Bệnh viện đa khoa thành phố Long Xuyên nhằm phục vụ việc phòng và khám chữa bệnh cho người dân.[14] Bệnh viện Đa khoa Trung tâm An Giang quy mô lớn với 10 tầng, 600 giường bệnh và là bệnh viện đầu tiên ở ĐBSCL có sân đỗ trực thăng.

Long Xuyên còn có Bệnh viện Tim mạch, khám chữa bệnh liên quan đến tim mạch cho người dân trong tỉnh và cả các tỉnh lân cận. Ngoài ra còn có Bệnh viện Mắt, Tai - mũi - họng, Răng - hàm - mặt.